如今口腔疾病的治疗正从消除特定的细菌转变为通过益生菌改善口腔细菌生态学。因此，细菌疗法是牙科的一个新兴领域。益生菌是含有一些有益的细菌、酵母菌和其他对宿主健康有益的微生物的膳食补充剂，可以帮助促进健康菌群的生长繁殖和抑制病原体传播疾病。在医疗领域，益生菌主要用于胃肠道疾病的治疗。如今，益生菌也可以被用作各种口腔疾病的治疗。
用作益生菌的微生物主要有乳杆菌属、双歧杆菌和非致病性酵母等。其中乳杆菌属能够产生酶，从而帮助人体消化和吸收蛋白质和糖类。双歧杆菌可以分解代谢乳糖,从而产生乳酸并合成维生素，还能够发酵一些难以消化的碳水化合物而产生短链脂肪酸。
龋齿是一种由细菌引起的多因素疾病，其特征在于牙釉质的去矿化作用由于口腔的生态系统稳定性被破坏，口腔细菌过度增殖，特别是来自变异群的链球菌群数量增多。益生菌可以黏附在牙齿表面并整合到口腔的微生态中，从而与致齲菌进行竞争并抑制它们的生长。益生菌还可以代谢糖类等营养物质而减少酸的产生，同时益生菌也可以用于牙周病及口臭的预防上。
口腔微生物与口腔健康息息相关，了解口腔生态环境的特征，掌握口腔生理状态下的活动规律，是了解口腔疾病产生的原因，也是开展人体口腔护理的基础。口腔复杂的生态环境适宜各种类型的微生物，包括需氧、兼性厌氧微生物的生长和繁殖。这些微生物所产生的酶、维生素、代谢产物反过来又会影响机体的局部甚至是全身的状态。
虽然微生物是肉眼看不见的，但我们也不能低估它们在人类健康和疾病中所起的决定性作用,其中口腔微生物组对口腔及全身的健康尤为重要。口腔中唾液的流动、牙齿表面的薄膜和口腔软组织可以维持微生态的平衡并且阻止病原菌的侵人。一旦口腔微生态的平衡被打破，就有可能导致口腔疾病的产生，而重症口腔疾病患者的病原菌还可能会传染身体的其他部位，从而引起系统性疾病，例如心血管疾病、免疫系统的崩溃和糖尿病等。良好的口腔环境和稳定的口腔微生态对人体来说是必需的，可以防止疾病在个体间快速传播。在人类的长期进化过程中，天然口腔微生物与人类处于相对和谐的共生状态,互相受益，一切控制疾病的手段都不应该破坏这种互生关系。
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